Церкви на территории Кавказского края находились в ведении военного ведомства и в ведении епархий. Церкви, расположенные в военных укреплениях и в станицах Кавказской линии, были полковыми либо казачьих войск и находились в ведении военного ведомства. Городские и сельские церкви – в епархиальном ведении. Для многих полков в XIX в. церкви были построены на средства Военного министерства. Они были одновременно и приходскими церквами православного населения, проживавшего в военных укреплениях и поселениях. В 1840 году на Кавказскую линию был назначен обер-священник Особого Кавказского корпуса, в управление которого с 1846 года входили не только полковые церкви, но также церкви казачьих линейных войск на Северном Кавказе. Хорошее материальное обеспечение военного духовенства привлекало многих священников. Обычно сюда назначались священники, имевшие особенно хорошую аттестацию от епархиальных управлений, или те, которые окончили духовную академию.
Со строительством храмов на Кавказской линии изначально произошла задержка. Дело в том, что ещё в конце предыдущего столетия император Павел I запретил строить в России деревянные храмы – он был напуган частыми пожарами в них. Строить же церковь из камня стоило слишком дорого.
С возведением Константиногорской крепости в 1779 году появился в ней и первый храм – маленькая походная церковь 16-го егерского полка, составлявшего крепостной гарнизон. Помещалась она, как свидетельствует план крепости, в одной из саманных казарм, которую делила с лазаретом. Такой церковью и приходилось довольствоваться первым посетителям Горячих Вод. Со временем домов здесь становилось всё больше, как и лечащихся, снимавших в них квартиры. Крепостная церковь уже не годилась для приезжей публики. Добираться до неё было далековато, да и не могла она вместить всех молящихся – и солдат, и курсовых. Надо было иметь в Горячеводском поселении свой храм. И церковь в поселении вскоре появилась. Её привезли сюда из Персии, где она служила сотрудникам Российского генерального консульства, упразднённого в 1813 году после окончания очередной Русско-Персидской войны. Зимой оснащение этого походного храма хранилось в Константиногорской крепости, а с началом сезона привозилось к подножию Машука, где для него устанавливался просторный шатёр.
В 1803 году в целях укрепления участка границы Российской Империи, примыкающего к землям абазин и карачаевцев, было решено создать военное укрепление у «кислого колодца». 13 июня заложена Кисловодская крепость по третьему проекту. В июне появляются первые курортные больные, которые останавливаются в крепости, поскольку нередки нападения горцев. Лечатся купаниями в источнике. Купаются первые курортники прямо в яме. Вода подогревается раскалёнными камнями или пушечными ядрами. Дорога на курорт сложна из-за отсутствия моста через реку Подкумок, воды которого переворачивают экипажи. Первые больные устремляются к Кислому источнику из Георгиевска и других ближних мест Кавказа. 10 ноября завершена реконструкция крепости по «четвёртому» проекту, составленному генералом Брюзгиным. Валы земляные. Крепость пятиугольная, в плане – с земляными бастионами по углам. Внутри укрепления сооружаются одноэтажные деревянные оштукатуренные постройки: офицерские дома, казармы, конюшни, провиантские склады и гауптвахты. Появляется специальная комната для богослужений – первая церковь в Кисловодске. В 1818 году земляные валы Кисловодской крепости заменяются каменными стенами. Первая Кисловодская церковь в честь Святителя и Чудотворца Николая была сооружена в 1803 году в одном из помещений крепости. Вскоре с увеличением населения появилась необходимость в строительстве приходского храма. Архитекторы братья Бернардацци в 1824 году создали проект церкви. В 1826 году храм был возведён в форме креста, из дерева, без применения гвоздей. Новая церковь, как и прежняя, крепостная, была освящена архимандритом Товией в честь Святителя и Чудотворца Николая.
В ведении Центра Кавказской линии находилось свыше 40 станиц. В соответствии с распоряжением начальника Центра Кавказской линии командирами бригад были подготовлены и представлены сведения о количестве дворов и населения в станицах Кавказского линейного Казачьего войска, расположенных в Центре линии. В рапортах командиров бригад сообщалось, что в станицах Кавказского линейного Казачьего войска имеется следующее количество дворов:
командира 5-й бригады: в станицах 5-й бригады 3639 дворов, в том числе: Круголеской (355), Александровской (381), Калиновской (291), Грушовской (218), Сергиевской (311), Северной (263), Суворовской (378), Бекечевской (293), Баталпашинской (303), Беломечетской (335), Невинномыской (325), Воровсколеской (186); командира 6-й бригады: в станицах 6-й бригады 4025 дворов, в том числе: Саблинской (276), Александрийской (367), Верхнеподгорной (234), Нижнеподгорной (195), Незлобной (278), Новопавловской (295), Георгиевской (217), Ессентукской (556), Кисловодской (167), Боргустанской (223), Горячеводской (341), Марьинской (301), Бабуковской (248), Зольской (297), Железноводской (30);
командира Горского казачьего полка: в станицах Горского казачьего полка 2313 дворов, в том числе: Екатериноградской (418), Приближной (135), Прохладной (265), Солдатской (235), Павловской (272), Государственной (314), Курской (150), Павлодольской (304), Новоосетинской (121), Черноярской (99);
войскового старшины Владикавказского казачьего полка: в станицах Владикавказского казачьего полка 1415 дворов, в том числе: Владикавказской (126), Архонской (168), Ардонской (220), Николаевской (168), Змейской (185), Урухской (94), Александровской (162), Котляревской (125), Пришибской (167).
В казачьих станицах, согласно действующему Уставу Духовных консисторий, церкви строились по проектам и сметам, утверждённым Главнокомандующим Кавказской армией.
Приступая к постройке своих поселений «казаки, прежде всего, отводили место под церковь и обносили его каменной оградой с проделанными в ней бойницами, красота церкви, высота её колокольни, блеск купола и золочёного креста служили признаком большего или меньшего достатка станицы». Большинство станичных храмов представляло собой деревянное здание на каменном фундаменте с деревянной колокольней на четырёх столбах.